В составе ГУФСИН России по Новосибирской области 15 исправительных учреждений, в том числе:
- 5 колоний строгого режима;
- 3 колонии общего режима, в том числе одна для содержания женщин;
- 1 колония особого режима;
- 1 воспитательная колония;
- 1 лечебно-исправительное учреждение;
- 3 следственных изолятора;
- 1 колония-поселение.
Кроме того, в состав ГУФСИН России по Новосибирской области входит Управление по конвоированию, Специализированный межрегиональный учебный центр, Уголовно-исполнительная инспекция, Отдел специального назначения, База материально-технического и военного снабжения, отдел охраны Новосибирской психиатрической больницы (стационара) специализированного типа с интенсивным наблюдением.